O Gabinete do Presidente John Fitzgerald Kennedy desempenhou um papel muito importante em um dos momentos mais angustiantes da Guerra Fria, a Crise dos Mísseis. Este acontecimento data de um contexto mais amplo composto de uma série de tensões entre os Estados Unidos e Cuba. A relação dos dois países já estava desgastada devido à influência da nação norte-americana, mesmo antes da Revolução Cubana em 1959. No século XX, por exemplo, a Enmienda Platt garantia a possibilidade de intervenção política militar no país latino americano.

Em 1961, três meses antes de John F. Kennedy assumir a presidência, houve uma tentativa de invasão estadunidense em Cuba, visando derrubar o governo vigente. Essa operação acabou fracassando devido à resistência do povo cubano. No mesmo ano, os Estados Unidos instalaram mísseis balísticos na Itália e Turquia, cerca de 2.400km de Moscou. Em reação a essa intervenção, Nikita Khrushchev, líder da União Soviética no período aprovou a instalação de mísseis em território cubano. A presença desses projéteis configurou uma ameaça à segurança mundial.

Na ocasião, Kennedy convocou seu Comitê Executivo (ou ExComm), conhecido por ser um grupo de funcionários do governo estadunidense que se reuniu para aconselhar o presidente sobre a Crise dos Mísseis cubanos. Essas reuniões tinham como objetivo principal traçar estratégias para a proteção da nação norte-americana. Os encontros eram secretamente gravados e hoje estão presentes na Biblioteca Presidencial e Museu John F. Kennedy.

Um dos episódios mais tensos dessa crise, foi o abatimento de um avião norte americano que sobrevoava a ilha latina, ocasionando a morte do piloto. A partir disso, as negociações ficaram cada vez mais difíceis. Foram treze dias de incerteza sobre o futuro das nações envolvidas, nos quais o gabinete do Presidente Kennedy passou por discussões críticas sobre meios de manter a segurança de seu país. No dia 28 de outubro, foi acordado que os Estados Unidos iriam retirar os mísseis das proximidades soviéticas, um
acordo também foi assinado que proibiria a invasão da ilha cubana pelo país norte-americano. Com isso, Nikita Khrushchev concordou com a retirada dos mísseis da ilha caribenha.

Uma das consequências dessa crise foi a limitação dos testes e uso de armas nucleares. Isso possivelmente ocorreu em função do alastramento desses artefatos e a percepção de seus perigos. Um acordo foi assinado pelos Estados Unidos, União Soviética e Inglaterra, que apenas permitia o teste dessas armas em terrenos subterrâneos. As tensões entre a nação norte-americana e a soviética também mudaram de eixo, passando a se concentrar na famosa corrida espacial do século XX